Согласно справке аудитора Счётной палаты РФ о результатах проверки финансово-хозяйственной деятельности РГТРК «Останкино» от октября 1995 года, в апреле 1994 года «с целью упорядочения рекламной деятельности» было создано АОЗТ «Реклама-Холдинг» с 30 % долей компании «Останкино» в его уставном фонде. Соучредителями АОЗТ стали компании-рекламные агентства, скупавшие на телеканале большую часть рекламного времени в первом полугодии 1994 года: «Видеоинтернешнл», «Премьер СВ», «Максима», «Интервид», «Логоваз-пресс», студия «Остер». В справке аудитора утверждается, что президентом АОЗТ «Реклама-Холдинг» был зампредседателя РГТРК «Останкино» А. А. Дмитриев[30], однако по данным Энциклопедии ТАСС, президентом компании «Реклама-холдинг» с 1994 года являлся Сергей Лисовский. Фактически это АОЗТ было консорциумом рекламных агентств по продаже рекламного времени на Первом канале Останкино, при этом наиболее влиятельными участниками консорциума ТАСС называет компании «Премьер СВ» Лисовского, «ИнтерВИД» Владислава Листьева, «ЛогоВАЗ-реклама» Бориса Березовского.
Размышляя о мотивах физического устранения Листьева и нитях, ведущих к Лисовскому, журналист Пол Хлебников в 1996 году цитировал главного охранника президента РФ Б. Н. Ельцина Александра Коржакова, утверждавшего, что приватизация 1-го канала Останкино (ОРТ) состоялась зимой 1995 года по инициативе Бориса Березовского — одного из главных создателей ОРТ, члена первого совета директоров и фактического распорядителя телеканала[15]. Березовский убедил в необходимости приватизации малосведущего в экономике и подверженного разным влияниям Ельцина. Олигарх распределил акции главного телеканала России вне конкурса[17]. Среди акционеров ОРТ после приватизации оказались: сам Березовский, ещё 5 олигархов, приближенных к власти, телекомпания «ВиД», Ирена Лесневская и ряд других миноритариев.
Состав акционеров должен был символизировать для общества союз крупного бизнеса и творческой интеллигенции ради создания «великого телевидения России». Убедившись, что телевидение — это весьма затратное дело, в которое надо постоянно инвестировать, через полгода партнёры продали Березовскому свои акции, после чего он стал полновластным хозяином на ОРТ[19]. К началу 1995 года, утверждал бывший генпрокурор Скуратов, телеканал ОРТ продавал компаниям-посредникам, прежде всего «Рекламе-холдинг» Лисовского, рекламное время оптом по 100 долларов за минуту, а посредники затем перепродавали рекламное время конечным клиентам-рекламодателям в розницу по многократно увеличенной цене. В результате такой практики основная прибыль поступала не телеканалу ОРТ, а оседала на счетах компаний-посредников, крупнейшей из которых был холдинг Лисовского.
В феврале 1995 года Березовский предложил увеличить стоимость рекламы на ОРТ со 100 долларов за минуту до 10 тыс. долларов за минуту (как в Лондоне), а для «привыкания» клиентов и посредников к новым расценкам на 3 месяца вообще закрыть ОРТ для рекламы, что было беспрецедентным шагом. Это не могло устроить посреднические фирмы — поставщиков рекламы, поскольку рекламодатели («Pepsi», «Marlboro» и другие глобальные компании) не имели тогда адекватных объёмов продаж в России, чтобы столько платить. К тому же компании-посредники обязаны были исполнять уже действующие контракты по рекламе на ОРТ. На этой почве возник конфликт между Березовским и Лисовским, который при новых астрономических расценках грозился перераспределить свой рекламный бюджет с ОРТ на другие телеканалы, а это чревато ОРТ и Березовскому разорением. Однако реально осуществить угрозу диверсификации своего консолидированного рекламного пакета у Лисовского не было возможности, поскольку ОРТ в 1995 году находилось в России вне конкуренции, имело 90 % долю телеаудитории (оставляя далеко позади телеканалы Россия 1 и НТВ). Уход рекламы с ОРТ на другие каналы уже за несколько дней, предшествующих убийству Листьева, обернулся колоссальными потерями для всех — как для ОРТ, так и для компаний-посредников (главой крупнейшего посредника — консорциума «Реклама-холдинг», по данным ТАСС, был Лисовский), а также для самих клиентов-рекламодателей[19]. Хлебников утверждал, что переговоры Листьева с главой «Рекламы-холдинга» Лисовским затянулись[17]. 20 февраля 1995 года Листьев ввёл временный мораторий на все виды рекламы, пока ОРТ не разработает новые «этические нормы». Коржаков утверждал, что «отмена рекламы… означала лично для Лисовского… потерю миллионных прибылей»
По. материалам книги Пола Хлебникова, в одном из докладов сотрудник столичного РУОПа отмечал, что Листьев опасался нападения и в конце февраля рассказал ближайшим друзьям, за что его могут убить. Когда он решил покончить с монополией на рекламу, к нему явился Лисовский и потребовал возместить ущерб в размере 100 миллионов долларов, пригрозив расправой. Листьев сказал, что нашёл европейскую компанию, которая готова платить за право распоряжаться рекламным временем на ОРТ гораздо больше — 200 миллионов долларов. Согласно Хлебникову, Листьев обратился к главному финансисту ОРТ Борису Березовскому с просьбой провести операцию по выплате 100 миллионов Лисовскому. Хлебников писал, что деньги были перечислены на счёт одной из компаний Березовского, и что Березовский пообещал перевести средства Лисовскому через три месяца.
4 апреля 2013 года на сайте журнала «Сноб» было размещено интервью журналиста Евгения Левковича с директором Первого канала Константином Эрнстом от 2008 года, где последний якобы утверждал, что Сергей Лисовский является заказчиком убийства Влада Листьева[33][34]. После разразившегося скандала «Сноб» удалил материал со своего сайта, однако текст интервью с учётом его повышенной значимости был воспроизведён газетой «Коммерсантъ»[35]. Эрнстом подлинность центрального фрагмента текста (но не самого интервью) оспаривалась, аутентичной аудиозаписи ключевой цитаты журналистом представлено не было, Лисовский свою причастность к преступлению вновь отрицал.
31 июля 2013 года в эфире телеканала «Дождь» бывший генеральный прокурор России Юрий Скуратов, при котором проводилось расследование убийства Листьева, заявил, что версия о причастности Лисовского к убийству Листьева, приписываемая Эрнсту, близка к его собственной[38]. 1 марта 2015 года, в 20-ю годовщину гибели Листьева, на Первом канале показан биографический документальный фильм «Влад Листьев. Взгляд через двадцать лет». Комментируя 20-летние безуспешные попытки следствия раскрыть преступление, Эрнст вновь объявил, что у него есть собственная чёткая и логически непротиворечивая версия нераскрытого убийства, однако нет юридически значимых доказательств, поэтому он не может её публично озвучить[39].
Лисовский проходил одним из фигурантов по уголовному делу, его адвокатом выступал Анатолий Кучерена[40][32]. Процессуальный статус Лисовского в деле — свидетель[19]. Лисовский неоднократно упоминался в СМИ в связи с громким убийством, в рамках уголовного дела его не менее 5 раз подробно допрашивали и проверяли его показания[19], при этом Лисовский никогда не скрывался от следствия, что отличало его от предполагаемых оперативниками организатора убийства — авторитета Солнцевской ОПГ Игоря Дашдамирова и предполагаемых исполнителей, братьев Александра и Андрея Агейкиных. После отставки генпрокурора РФ Юрия Скуратова в 1999 году, при котором были выполнены главные следственные действия и установлен круг подозреваемых, в прессе вновь распространилась версия о причастности к преступлению четырёх основных фигурантов, первым из которых назывался Лисовский. По словам Скуратова, расследование тормозилось из Кремля, поскольку предполагаемый заказчик был спонсором президентской избирательной кампании Ельцина в 1996 году.
В феврале 2020 года бывший генпрокурор Скуратов подтвердил, что во многом верна трактовка событий, согласно которой Дашдамиров дал отмашку на устранение Листьева другому «бригадиру» Михаилу Кудину, а тот поручил это преступление братьям Агейкиным. Неясность, по мнению Скуратова, состояла лишь в том, кто заказал Дашдамирову убийство Листьева. Экс-генпрокуратор Скуратов сообщил также, что номер телефона Дашдамирова с указанием его блатной клички Душман был найден в записной книжке Лисовского, что следствие считало важной уликой. Вскоре после убийства Листьева Александр Агейкин погиб при загадочных обстоятельствах в Израиле; Лисовский, Дашдамиров и Андрей Агейкин по состоянию на 2020 год живут в Москве. В результате проведённого журналистского расследования Алексей Пивоваров (которому Лисовский отказался дать интервью) в 2020 году пришёл к выводу, что основная версия следствия и есть правда[41]. 2 марта 2017 года на портале Russian Criminal была опубликована статья «Как и кто убил Владислава Листьева», которая ссылаясь на данные расследования Интерпола, раскрывает имена предполагаемых заказчиков и организаторов преступления. Среди заказчиков фигурируют член Совета Федерации Сергей Лисовский и медиаменеджер Борис Зосимов. Организацией исполнения физического устранения Листьева, согласно этой версии, занимались члены Солнцевской ОПГ.